일제강점기 토지조사사업의 대표적인 폐해는 토지 소유권을 신고·증명하지 못한 농민들이 토지를 잃었다는 점이다. 이 과정에서 관습적인 경작권이 인정받지 못해 많은 농민이 소작농으로 전락했다.

조선총독부는 국유지를 늘려 토지를 일본인 지주와 일본인 이주민에게 유리하게 이용할 기반을 마련했다. 그 결과 농민들의 경제적 부담이 커지고 농촌의 빈곤이 심화되었다.